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Dort übernahm Fritz Pleitgen die Fernseh-Chefredaktion und 1994 die Direktion des WDR-Hörfunks. Während seiner Zeit als Intendant folgte er dem Motto „Durch Qualität zur Quote“, weswegen er neben Reportagen und Dokumentationen auch relevante Fernsehfilme förderte. Er profilierte die Regionalprogramme des Senders, stieß die Gründung des Ereignis- und Dokumentationskanals phoenix an, hob den Jugendsender 1LIVE aus der Taufe, initiierte das Internationale WDR Europaforum und bereitete schon früh den Weg für die digitale Zukunft des WDR. Nach seinem Abschied vom WDR war er drei Jahre lang Vorsitzender der Geschäftsführung der Initiative RUHR.2010. Für sein Engagement als Präsident der Deutschen Krebshilfe (2011 bis 2021) erhielt er 2012 das Große Verdienstkreuz der Bundesrepublik Deutschland. Zudem betätigte er sich als Buchautor und schrieb unter anderem „Frieden oder Krieg – Russland und der Westen – Eine Annäherung“ (2019) und „Eine unmögliche Geschichte – Als Politik und Bürger Berge versetzten“ (2021).
„Der Tod von Fritz Pleitgen ist für uns alle im WDR eine sehr traurige Nachricht. In unseren Herzen sind die Flaggen auf Halbmast. Ein großer Kapitän verlässt nun die Bühne des Lebens. Er hat den WDR geprägt wie kaum ein anderer. Fritz Pleitgen stand für Mut und Fairness, und er liebte seinen WDR“, würdigte der heutige WDR-Intendant Tom Buhrow den verstorbenen Fritz Pleitgen. Buhrow weiter: „Seine Ausstrahlung geht aber weit über diesen Sender hinaus. Er stand sein ganzes Leben lang für den öffentlich-rechtlichen Rundfunk und seine Rolle in der Gesellschaft. Als Intendant und hochangesehener Rundfunkmanager, Korrespondent und politischer Journalist hat er den Westdeutschen Rundfunk über viele Jahrzehnte entscheidend geprägt und zum Erfolg geführt. Fritz Pleitgen war ein kluger Stratege, der sich dem öffentlich-rechtlichen Rundfunk voll und ganz verpflichtet fühlte und sich energisch und leidenschaftlich für ihn einsetzte. Vorbild, Ratgeber, Mentor war er für viele, auch für mich. Wir haben ihm sehr viel zu verdanken. Ihm gebührt ein ganz besonderer Platz in der WDR-Geschichte.“