Im Januar 2005 wurde völlig unerwartet der RTL II-Geschäftsführer Josef Andorfer mit sofortiger Wirkung der Gesellschafter von seinem Posten enthoben. Andorfer, der dem Sender immer wieder neue Trends beschert hatte, klagte gegen den Rauswurf. Nach Informationen der Tageszeitung Die Welt sollen sich der Münchener Fernsehsender RTL II und Andorfer bis zum 25. April 2006 über eine Abfindung einigen, man rechnet mit einem hohen einstelligen Millionenbetrag.
Nach dem Bericht der Welt vom Freitag, 7. April 2006, hatte das Gericht RTL II geraten, den Streit außergerichtlich beizulegen. Es sollen mehrere Millionen Euro dem Österreicher als Entschädigungssumme angeboten worden sein, Andorfer lehnte ab, da sein Vertrag bis 2008 lief und nach seiner Meinung nach ihm mehr zustände.
Das im September 2005 begonnene Fernsehjahr ist für RTL II in keinem Fall erfolgreich. Stellt man die bisherigen Monate (bis März) gegenüber dem vorherigen neunmonatigen Fernsehjahr, so viel der Marktanteil von 4,6 auf 3,9 Prozent (-0,7 Prozentpunkte) bei den Zuschauer ab drei Jahren. In der Zielgruppe erreicht der Sender aktuell 6,1 Prozent, im vorherigen Jahr waren dies noch sieben Prozent. Im September 2005 startete Andorfer mit seinem Sender so gut in das Fernsehjahr, dass man selbst ARD und ZDF in der Gruppe der 14- bis 49-Jährigen übertraf. Derzeit liegt RTL II leicht über dem Niveau von kabel eins, dem kleinsten der acht Vollprogramme.
2004 erwirtschaftete Josef Andorfer mit seinem Fernsehsender einen Gewinn von 67 Millionen Euro, im Folgejahr sank der Gewinn auf 25 Millionen Euro ein. Fernsehmarktführer RTL und die Tele München Gruppe, welche Josef Andorfer aus dem Amt haben wollte, halten den Großteil des Fernsehsenders RTL II.