Vergleichsweise schwach startete die erste Folge der zweiten Season. Mit rund 3,1 Millionen Zuschauern erreichte man deutlich ausbaufähige Werte. Quotentechnisch war aber von Anfang an alles im Lot: Mit 19 Prozent Marktanteil lag man eindeutig über dem Senderschnitt. Und auch bei den Werberelevanten lag man mit 7,3 Prozent im zufrieden stellenden Bereich. Eine ähnliche Reichweite wurde auch mit der zweiten Episode erreichte: Diese wurde ebenfalls von rund 3,1 Millionen Zuschauern ab drei Jahren gesehen – in der Zielgruppe kam man auf knapp 500.000 Zuschauer. Die Quoten waren aber etwas niedriger: „Flusspiraten“ sahen 17,5 Prozent der Bundesbürger ab drei Jahren.
„Blind vor Liebe“ hieß dann Episode Nummer drei, die reichweitentechnisch deutlich nach oben schoss. Mit 3,6 Millionen Zuschauern und knapp 19 Prozent Marktanteil lief es einmal mehr gewohnt gut. Einen Negativ-Rekord stellte dann die vierte Folge auf: Mit nur 7,2 Prozent Marktanteil holte die Episode die niedrigste Quote bei den 14- bis 49-Jährigen. Bei allen Zuschauern stieg die Zuschauerzahl aber beharrlich an: Mit über 3,8 Millionen Zuschauern war der Aufwärtstrend nicht zu stoppen.
So ist es auch zu erklären, dass die fünfte Folge den höchsten Marktanteil der gesamten Staffel (ab drei Jahren) einfuhr. Mit 19,9 Prozent verfehlte man die magische „20“ nur knapp. Erstmals kletterte die Reichweite auch über vier Millionen Zuseher – unter dem Strich wurden mehr als 4,1 Millionen Zuschauer gemessen. Kamen in der ersten Staffel nur zwei Folgen auf über vier Millionen Zuschauer, sollten es am Ende der zweiten Staffel schon vier weitere Folgen sein.
Die Episoden sechs und sieben hielten sich auf konstant hohem Niveau: Mit jeweils über vier Millionen Zusehern erreichte man Marktanteile von über 19 Prozent, knapp siebeneinhalb Prozent wurden bei den 14- bis 49-Jährigen gemessen. „Katyas Geheimnis“ musste Ende November wieder ein paar Zuschauer abgeben. Mit 3,86 Millionen Zuschauern war man von den Rekordwerten leicht entfernt. Und auch in der Zielgruppe lief es erstmals nicht wirklich gut: Nur 6,2 Prozent Marktanteil wurden ermittelt. Dies war zugleich der niedrigste Marktanteil der gesamten Staffel.
Mit jeweils rund 3,9 Millionen Zuschauern liefen auch die ersten beiden im Dezember gezeigten Folgen auf gutem Niveau – rund 19 Prozent Marktanteil machten das ZDF weiterhin glücklich. Am 2. Januar 2007 lief dann die vorerst letzte Folge der Serie. „Stille Wasser“ wurde von 4,16 Millionen Menschen gesehen – zugleich die höchste Reichweite der gesamten Staffel. Nur die achte Folge der ersten Staffel lockte mit rund 4,2 Millionen Zuschauern minimal mehr Bundesbürger vor die TV-Geräte. Richtig gut lief es vor allem bei den Werberelevanten, da diese wohl zum Teil noch Urlaub hatten: Mit 0,71 Millionen Zuschauern erreichte das ZDF 8,6 Prozent Marktanteil.
Durchschnittlich wurde die zweite Staffel der Krimiserie von knapp 3,8 Millionen Menschen gesehen, also minimal weniger als die erste Staffel sahen. Der Marktanteil stieg jedoch. Von 18,4 auf 18,8 Prozent. In der Zielgruppe blieb die Durchschnittszuschauerzahl nahezu unverändert und lag knapp über einer halben Million. 7,5 Prozent der 18- bis 49-Jährigen sahen zu. Damit ist klar: Vor allem beim Gesamtpublikum ist «SOKO Wien» ein Renner. Derzeit kommt das ZDF beim Gesamtpublikum auf 12,9 Prozent Marktanteil (September bis Dezember 2006). Im gleichen Zeitraum erzielte man bei den Werberelevanten sieben Prozent.