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Ab dem 27. Oktober 2008 werden insgesamt 20 neue Fälle am Montagvorabend um 18.00 Uhr gelöst. Doch dieses Mal bleibt nicht alles beim Alten: Denn mit Gerd Silberbauer hat man einen neuen Mann an Bord, der den Kriminalhauptkommissar Arthur Bauer spielt. Da passt es auch noch, dass «SOKO 5113» im 30. Jahr die 400. Folge ausstrahlt.
Die 31. Staffel startet für die Ermittler überraschend: Dadurch, dass Bauer ohne Ankündigung den Chefsessel der Sonderkommission in Beschlag nimmt, werden die Hoffnungen von Manne Brand (Hartmut Schreier) zunichte gemacht. Während Theo Renner (Michel Guillaume) ihm unverblümt seine Abneigung zeigt, steht Katharina Hahn (Bianca Hein) dem neuen Vorgesetzten erst einmal offen gegenüber – bis sie herausfindet, dass es ein dunkles Geheimnis in Bauers Vergangenheit zu geben scheint.