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Nach seinem Studium ging er 1990 zum Hessischen Rundfunk, wo er zunächst als freier Reporter arbeitete bevor er von 1994 bis 1995 ein Volontariat absolvierte. Nachdem Schaeffer einige Zeit als freier Redakteur, Moderator und Feature-Autor gearbeitet hatte, wurde er 1997 Redakteur, Autor und Moderator im Bildungsprogramm und der Hörfunk-Unterhaltung des HR. 1998 übernahm er die stellvertretende Leitung des Programmbereichs Gesellschaft, Bildung und Unterhaltung.
Neben seiner Tätigkeiten als Journalist beim Hessischen Rundfunk war Volker Schaeffer als Dozent an den Universitäten Stuttgart und Frankfurt am Main tätig. Ab November 2003 leitete er beim Westdeutschen-Rundfunk die Programmgruppe Unterhaltung. Anfang 2007 wurde er Leiter der Aktuellen Kultur bei WDR5.
Die nun von Volker Schaeffer geleitete Programmgruppe Aktuelle Kultur ist zuständig für WDR3 und WDR5 und die dort laufenden Sendungen WDR3 Mosaik, WDR3 Resonanzen sowie die WDR5-Sendungen Scala Bücher und Ohrclip. Außerdem arbeitet die organisatorisch an WDR3 gebundene Programmgruppe an weiteren aktuellen Sendungen beider Wellen mit.