Nur 15 neue Folgen konnte RTL seit September 2008 ausstrahlen.
Am Donnerstag endete die dritte Staffel von «Bones – Die Knochenjäger» bei RTL. Die 15-teilige Staffel wurde mit zwei langen Pausen donnerstags um 22.15 Uhr aufgeführt. Obwohl RTL an den Nerven der Zuschauer zehrte, weil die relativ kurze Staffel mehrfach unterbrochen wurde, war das Ergebnis unter dem Strich gut.
Am 11. September 2008 startete die Staffel mit der Episode „Ein Kannibale und der Hunger auf mehr“, die von 3,13 Millionen Zuschauern verfolgt wurde. Der Marktanteil lag bei 15,7 Prozent bei allen Zuschauern und 19,5 Prozent bei den Werberelevanten. Bereits eine Woche später stieg das Interesse auf 3,25 Millionen Zuschauer an. Mit 20,5 Prozent Marktanteil bei den 14- bis 49-Jährigen konnte RTL-Chefin Anke Schäferkordt mehr als zufrieden sein. Ende September 2008 legte die Serie noch einmal nach und fuhr sagenhafte 24,3 Prozent Marktanteil ein.
Im Oktober fiel die Reichweite zunächst auf 3,01 Millionen Zuschauer ab, ehe danach wieder 3,41 Millionen Menschen verzeichnet wurden. Mit 18,0 und 21,3 Prozent Marktanteil lag die Serie allerdings voll im Soll. Dennoch nahm RTL «Bones – Die Knochenjäger» nach sechs Episoden aus dem Programm und wollte die eigenproduzierte Serie «Die Gerichtsmedizinerin» ausstrahlen. Bereits nach wenigen Episoden flog das Format raus und deshalb sprang kurzfristig wieder die US-Serie ein.
Der zweite Teil der Staffel begann am 6. November 2008 und holte – dank keiner Werbung – nur 17,0 Prozent Marktanteil. Allerdings lag «Bones» einen Prozentpunkt über dem RTL-Schnitt und war somit immer noch ein Erfolg. Mit „Der Junge in der Zeitkapsel“ verzeichnete die Kölner Fernsehstation am 13. November tolle 3,29 Millionen Zuschauer und 21,3 Prozent bei den jungen Menschen. Am 27. November folgte allerdings der Totalausfall: Nur 2,60 Millionen Bundesbürger sahen zu, es wurden unterdurchschnittliche 14,7 Prozent Marktanteil bei den Werberelevanten verbucht.
Im Dezember 2008 waren noch zwei neue Folgen zu sehen, ehe eine dreimonatige Pause folgte. Die zwei Episoden „Morgen kommt kein Weihnachtsmann“ und „Leichen im Labor“ brachten dem Haussender 19,2 beziehungsweise 19,5 Prozent Marktanteil ein. Die Reichweiten beliefen sich auf 3,02 und 3,07 Millionen Zuschauer.
Der dritte Teil der dritten Staffel startete am 5. März 2009 und dauerte nur fünf Wochen an. Denn aufgrund des US-Autorenstreiks wurden im vergangenen Fernsehjahr nur 15 Episoden produziert. Die Reichweite war mit 3,08 Millionen Zuschauern in Ordnung, der Marktanteil lag bei erfreulichen 18,2 Prozent. In der Folgewoche durchbrach «Bones» einmal mehr die 20-Prozent-Marke. Mit 20,9 Prozent Marktanteil bei den jungen Menschen war die Serie ein Erfolg, die Episode „Ein Baby hängt am Ast“, die eine Woche später gesendet wurde, brachte es allerdings dann nur noch auf 18,9 Prozent.
Die Staffel wurde am 2. April 2009 mit „Der Möchtegernsänger im Gras“ beendet. Nur 3,10 Millionen Zuschauer sahen das Finale von Staffel drei, das erneut mit 18,0 Prozent ebenso wie fast alle Episoden über dem Senderschnitt lag. «Bones – Die Knochenjäger» ist für RTL ein riesiger Erfolg. Durchschnittlich schalteten 3,15 Millionen Zuschauer ein, das entspricht einem tollen Marktanteil von 14,6 Prozent. Bei den jungen Menschen brachte es die Serie auf 19,4 Prozent Marktanteil. Am Donnerstag steht noch das Finale der aktuellen Staffel aus, ehe es mit dem vierten Lauf weitergeht.