Die dritte Staffel der Serie «Heroes» strahlte RTL II wie schon bei den ersten beiden Staffeln mittwochs in der Primetime aus. Nachdem die Quoten für den Münchner Sender aber nicht mehr stimmten, setzte RTL II die Serie «Heroes» auf einen Sendeplatz am späten Abend um 23 Uhr. Eine Verbesserung machte sich bemerkbar.
Die erste Folge „Schurken: Die Wiederkehr“ am 02. September 2009 kam mit insgesamt 1,37 Millionen Zuschauer bei RTL II sehr gut an. Mit 4,8 Prozent Marktanteil aller Zuseher war der Sender gut bedient. Ingesamt schauten auch 1,08 Millionen der 14- bis 49-Jährigen zu, was «Heroes» zu guten 9,1 Prozent Marktanteil in der begehrten Zielgruppe verhalf. Wie schon in den beiden Staffeln zuvor war die erste Folge der Serie die stärkste. Von den bisher zehn Folgen kam keine an diese Werte heran.
Schon die zweite Folge markierte einen gewaltigen Quoteneinbruch. 310.000 Zuschauer schrieben die Serie ab. Folglich schauten nur noch 1,06 Millionen Menschen bei „Der Schmetterlingseffekt“ zu. Von den Werberelevanten schalteten 280.000 ab. Der Zielgruppen-Marktanteil lag bei schwachen 6,8 Prozent, aber noch über dem Senderschnitt von RTL II. Bei Folge Drei „Einer von uns, einer von ihnen“ waren ingesamt zwar wieder 1,12 Millionen Menschen dabei, doch bei den begehrten Zuschauern kam «Heroes» nur auf 6,7 Prozent Marktanteil. Die vierte Folge hatte erneut 1,06 Millionen Zuseher ingesamt, kam beim Gesamtpublikum auf 3,6 Prozent Marktanteil. „Tödlicher Hunger“ sahen wie schon die dritte Folge 0,81 Millionen junge Menschen. In der Zielgruppe wurden noch mal 6,8 Prozent Marktanteil gemessen.
Weitere 260.000 Fernsehzuschauer verfolgten die Serie während der beiden Folgen darauf nicht mehr weiter. Folge Fünf sahen nur noch 0,80 Millionen Menschen. Magere 2,6 Prozent Marktanteil der Zuschauer ab 3 Jahren hatte «Heroes» zu verzeichnen. Auch nur noch 0,61 Millionen Junge sahen die Folge „Engel und Monster“, die mit schwachen 5,0 Prozent Marktanteil auch in der Zielgruppe unter den Senderschnitt rutschte. Ähnlich sah es bei in den drauffolgenden drei Wochen aus. Die Serie stagnierte bei den Werberelevanten zwischen 5,3 und 5,8 Prozent Marktanteil. Nur noch zwischen 0,60 und 0,72 Millionen der 14- bis 49-Jährigen wollten «Heroes» sehen. Auch beim Gesamtpublikum war man mit Werten zwischen 2,7 und 3,1 Prozent Marktanteil deutlich unter dem Senderschnitt von RTL II. Eine geringfügige Ausnahme bildete die Folge „Eris Quod Sum“, die noch mal 0,98 Millionen Menschen begeistern konnte.
Als dann die neunte Episode „Zeit der Schatten“ am 28. Oktober 2009 den Tiefstwert mit nur 0,75 Millionen Zuschauern hatte, verbannte RTL II «Heroes» auf den späten Abend. Denn mit nur 2,3 Prozent aller Zuschauer schnitt die Serie indiskutabel ab. Auch in der begehrten Zielgruppe lag «Heroes» weit unter dem Senderschnitt: Nur 570.000 junge Zuseher hatte diese Folge und brachte es auch ganz schwache 4,3 Prozent Marktanteil des werberelevanten Publikums. Der erste Teil der Episode „Die Sonnenfinsternis“ wurde dann am 04. November 2009 erst um 23 Uhr ausgestrahlt. Zwar schauten hier insgesamt nur 0,63 Millionen zu, doch bei den Marktwerten sollte sich die Programmierung am späten Abend als hilfreich erweisen. 4,4 Prozent Marktanteil aller Zuschauer waren eine deutliche Steigerung zur Vorwoche. Die 0,49 Millionen 14- bis 49-Jährigen holten «Heroes» schließlich auch in der Zielgruppe aus dem Tief. 7,6 Prozent Marktanteil der Begehrten hievten die Serie auch hier wieder über den Senderschnitt.
Ingesamt hatten die ersten zehn Folgen der dritten Staffel «Heroes» im Schnitt 0,94 Millionen Zuschauer vor den Fernseher gelockt. Mit 3,4 Prozent durchschnittlichem Marktanteil lag das RTL II-Format aber unter dem Senderschnitt. 6,3 Prozent Marktanteil und im Schnitt 0,71 Millionen Zuschauer hielten «Heroes» bei den Werberelevanten knapp über dem Durchschnittsmarktanteil seines Senders. Im Vergleich zu den früheren Staffeln musste «Heroes» aber weitere Verluste in Kauf nehmen. Die Quoten sanken vergleichsweise eher.