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Die neuen Folgen begleiten unter anderem Hetty Lange auf ihrer Mission in Rumänien und Callen auf der Suche nach seiner Identität. Einen Gastauftritt hat in Staffel drei auch der Direktor des echten "NCIS", Mark D. Clookie. In weiteren Episodenrollen sind Christopher Lambert, Peter Stormare («Prison Break») und MacKenzie Mauzy («Reich und Schön») zu sehen.
Derzeit wiederholt der Bezahlsender 13th Street Universal die zweite Staffel am Samstagnachmittag. Runde drei wurde bereits im Frühjahr bei Sat.1 gezeigt; dort liefen die Folgen von «Navy CIS: L.A.» donnerstags um 22.15 Uhr als deutsche Erstausstrahlung.