
Ab Staffel acht ging es wieder steil bergauf, denn diese «Scrubs»-Season erreichte durchschnittlich ganze 15,4 Prozent Marktanteil und 1,51 Millionen Fans in der Zielgruppe, sowie 7,7 Prozent der gesamten Fernsehgemeinde (1,69 Millionen Zuschauer). Trotz des Total-Flops in den USA erreichte die Serie in Deutschland mit Staffel neun und dem Beinamen "Med School" ihren Bestwert von 7,6 Prozent bei allen Zuschauern und 16,4 Prozent sowie einer Reichweite von 1,59 Millionen Zuschauern bei den 14- bis 49-Jährigen. Ihren Höhepunkt erreichte die neunte Staffel im deutschen TV mit der Folge „Unsere letzten Geschichten“ am 8. Februar 2011. Diese Episode brachte ProSieben in der Zielgruppe 1,88 Millionen Zuschauer sowie sehr gute 19,9 Prozent Marktanteil. Beim Gesamtpublikum überzeugte die Folge 10,1 Prozent und damit 2,07 Millionen Fernsehende. Das Serienfinale mit dem Titel „Unser Dankeschön“ strahlte ProSieben am 15. März 2011 aus.
Die achte Staffel von «Scrubs» war ursprünglich als letzte Staffel gedacht, doch im Mai 2009 kündigte der Fernsehsender ABC an, dass die Serie mit 13 Episoden fortgeführt wird. Unklar war jedoch wie und mit welcher Besetzung es weiter gehen sollte. Nur John C. McGinley (Dr. Cox) und Donald Faison (Turk) unterschrieben nochmals Einjahresverträge und blieben als einzige der Originalbesetzung ständige Mitglieder der Serie. Zach Braff stand für die neunte Staffel nur noch vereinzelt vor der Kamera.
Die Serie wurde 17 Mal für den Emmy nominiert, unter anderem in den Kategorien „Beste Comedyserie“, „Beste Hauptrolle in einer Comedyserie“ (Zach Braff), „Regie“ und „Beste Besetzung einer Comedyserie“. Zach Braff wurde 2005, 2006 und 2007 als „Bester Hauptdarsteller in einer Fernsehserie – Comedy/Musical“ für den Golden Globe nominiert, musste sich aber gegen Jason Bateman («Arrested Development»), Steve Carell («The Office») und 2007 gegen Alec Baldwin mit «30 Rock» geschlagen geben.
Im März 2010 verkündete der Star der Serie, Zach Braff, dann via Facebook: „Es scheint so, als sei das “Neue Scrubs”, “Scrubs 2.0”, “Scrubs mit neuen Kids”, “Scrubbier”, “Scrubs ohne JD” vorbei. Es war einen Versuch wert, aber leider hat’s nicht funktioniert". Was in Deutschland sehr gut funktionierte war in den USA ein Totalausfall. Nach dem Ausstieg von Zach Braff und vielen anderen Hauptdarstellern nach der achten Staffel gingen die Einschaltquoten rapide nach unten. Die neunte Staffel startete mit einer jüngeren Besetzung von Ärzten und wurde nur noch teilweise von Gastauftritten der alten Darsteller begleitet. J.D. wurde durch die weibliche Erzählerin Lucy (Kerry Bishé) ersetzt. Alle Episodentitel der neunten Staffel beginnen nicht wie in Staffel eins bis acht mit „My…“ sondern trugen nun den Titel „Our…“.

Zach Braff widmete sich inzwischen anderen Projekten. Unter anderem spielte er im Drama «The High Cost of Living» 2010 eine der Hauptrollen und führte auch bei einigen Filmen Regie. In dieser Rolle agierte Zach Braff, der bereits in sieben Episoden seiner Serie «Scrubs» als Regisseur tätig war, 2008 im Film «Night Life» und im 2014 erscheinenden Comedy-Drama «Wish I Was Here», in dem er zudem die Hauptrolle übernehmen wird.